Während seines Studiums bei dem Steirer Gabriel Hackl und Angelo Jank an der Münchner Akademie gehörte Thöny zu den ersten Mitgliedern der Münchner Neuen Sezession. Nach dem Ersten Weltkrieg, in dem er als Frontzeichner arbeitete, kehrte er in seine Geburtsstadt Graz zurück und war dort Mitbegründer und erster Präsident der Grazer Sezession (1923). Es entstehen Stadtveduten und Genreszenen, die eine Beschäftigung mit Edvard Munch und August Macke vermuten lassen. 1931 emigriert Thöny über Mailand nach Paris. Es entstehen zahlreiche Werke auf dieser Reise. Nach ersten kurzen Reisen nach New York geht er von Paris aus 1938 mit seiner jüdischen Frau ins Exil weiter nach New York, von wo aus er zahlreiche Ausstellungen in den USA organisierte. Am 4. März 1948 wurden durch einen Brand in einem amerikanischen Lagerhaus zahlreiche seiner Grafiken und Gemälde, die in einer großen Kollektivausstellung gezeigt werden sollten, zerstört. Von diesem Schicksalsschlag erholte er sich bis zu seinem Tod im Jahr 1949 nicht mehr.

Literatur: Schmied, Wieland: Wilhelm Thöny, Portrait eines Einzelgängers, Salzburg, 1976; Pappernigg, Michaela (Bearb.): Kunst des 20. Jahrhunderts. Bestandskatalog der Österreichischen Galerie des 20. Jahrhunderts, Bd. 4: S-Z, hrsg. v. d. Österreichischen Galerie Belvedere, Wien 2001, S. 153–154