War Mitglied einer Bildhauerfamilie, wurde Schwiegersohn von Michael Bernhard Mandl (auch Mändl), wurde von diesem künstlerisch beeinflusst. Vermutlich war er in der Lehre bei Mathias Wilhelm Weißenkirchner in Salzburg und bei J. B. Spaz in Linz, für den er in der Stiftskirche Kremsmünster mittätig gewesen sein soll. Ab 1717 gestaltete Pfaffinger eine Reihe von ähnlichen Johann-Nepomuk-Statuen. Ab dem Jahr 1718 hielt er sich in Salzburg auf und arbeitete als Holz- und Marmorbildhauer vorwiegend für Stadt und Land, und auch für den Erzbischof. Die Entwürfe für seine Arbeiten stammten oftmals von anderen Künstlern: Antonio Beduzzi (Figuren der Linzer Dreifaltigkeitssäule), Johann Bernhard Fischer von Erlach (Seitenaltäre der Salzburger Kollegienkirche). Buchstäbliche Kopien der Heiligenfiguren Petrus und Paulus vor der Domfassade in Salzburg (das Hauptwerk Mandels) fertigte Pfaffinger für den Hochaltar der Pfarrkiche in Gnigl, den Brunnen im Hof des Priesterhauses der Dreifaltigkeitskirche in Salzburg und für die Fassade der Stiftskirche Seitenstetten (Niederösterreich). Sein Hauptwerk, die Skulpturen der Kapitelschwemme in Salzburg (1732 errichtet), dürften von Georg Raphael Donner entworfen worden sein.

[aus: Baum, Elfriede: Katalog des Österreichischen Barockmuseums im Unteren Belvedere in Wien, Bd. 2, Wien, München 1980 (Österreichische Galerie Wien, Kataloge, 2), S. 554]